La estructura de las cápsidas de parvovirus canino vacías muestra que los residuos 37 al residuo carboxi-terminal 584 (numeración VP2) están ordenados en cada una de las 60 subunidades. El motivo estructural central de cada subunidad es el barril beta antiparalelo de ocho hebras que se ha encontrado en muchas otras estructuras de virus. Cinco giros de horquilla beta forman una estructura cilíndrica beta en cada eje icosaédrico de 5 pliegues. La secuencia rica en glicina N-terminal se puede acomodar dentro de este cilindro sin un impedimento estérico excesivo, de acuerdo con la distribución de densidad electrónica. Con mucho, las mayores diferencias conformacionales entre el virus completo y el vacío se encontraron en la región donde se ha observado que algo de ADN ordenado se une a las partículas completas del parvovirus canino