Para comprender mejor cómo los virus de ARN de cadena positiva (+) ensamblan complejos de replicación asociados a la membrana (RC) para sintetizar, procesar y transportar ARN viral en células infectadas por virus, determinamos la estructura de alta resolución de la replicasa de ARN central de virus chikungunya y la arquitectura RC nativa en su contexto celular a resolución subnanométrica, usando reconstitución in vitro y criotomografía electrónica in situ, respectivamente. Dentro de la replicasa de ARN central, la polimerasa viral nsP4, que está en complejo con la helicasa-proteasa nsP2, se asienta en el poro central del anillo de protección de ARN nsP1 anclado a la membrana. La adición de un gran anillo citoplásmico junto al extremo C de nsP1 forma el holo-RNA-RC como se observa en el cuello de las esférulas formadas en células infectadas por virus.